На всех материнках Intel S5000* серии снижение шума можно добится только прошивкой биоса с помощью Intel® Deployment Assistant 2.5 for Intel®Server Board S5000*. (Скачать можно на сайте Интел в свободном доступе)
Прошивается достаточно просто, нужно записать образ на компакт диск и загрузится с него, а дальше следовать указаниям программы. Единственное надо учитывать какой у вас корпус и к каким FAN-ам подключены какие вентиляторы, это описано в мануале, который тоже есть в открытом доступе на сайте производителя.
Ситуация с заводскими сборками бывает разной по причине что на заводах проверяют компоненты по отдельности и после проверки выставляются заводские настройки, которые нацелены на максимально бесперебойную работу. Отсюда и максимальное вращение вентиляторов.