Можно через бут меню биоса выбирать с какого диска грузиться. Вызывается обычно кнопками F8, F10, F11 или F12 (зависит от прозводителя материнки). Виндовсы лучше устанавливать с отключенным вторым диском.
Ну или традиционный способ - добавить в меню виндового загрузчика пункт загрузки для второй винды. Есть способы на альтернативных загрузчиках, но смысл, если и виндовый справится.